单细胞分析 marker 基因数据库

细胞 marker 是指在一种细胞类型中高表达，而在其他类型中低表达或不表达的基因。寻找细胞 Marker 并注释是单细胞分析中重要的一环，包括 3 个步骤：自动注释（Marker-based automatic annotation）、人工注释（manual cell annotation）和验证（Verification）。

其中，人工注释依赖于参考文献和数据库的辅助，专业的人工注释通常被认为是细胞注释的金标准。本文将介绍一些主流的 Marker 数据库。

CellMarker

CellMarker 和 Cellmarker 2.0 搜集了人类和小鼠各组织器官的经典标志物，来源有：Single-cell sequencing、Experiment、Review 和 Company。尽量选择单细胞（Single-cell sequencing）来源的 Marker。CellMarker 的检索交互是最舒服的，也是我使用频率最高的。

PanglaoDB

panglaoDB 是 2019 年发布的，支持人类和小鼠的数据。其中的 UI（Ubiquitousness Index）与可信度较为相关，越高说明 marker 的准确性越高。

BD Life Sciences CD Marker Chart

BD Biosciences – Resources & Tools – Scientific Resources – BD CD Marker Handbook

总结了人类和小鼠的经典 Marker。

Mouse Cell Atlas

Mouse Cell Atlas 是 2017 年发布的小鼠数据库，2022 年 8 月有最新版的更新，现在是 3.0 版。

PlantCellMarker

植物可用的相关数据库还较少，PlantCellMarker 收集了 6 种植物的数据。

CellKb

CellKb 是一个付费的单细胞注释辅助工具，跟上面几个免费库的区别是有团队长期维护，可以使用最新的数据集。

我没有体验过它的付费版，体验过的可以分享一下值不值。

CellAnn

2023 年新推出的数据库，提供了一个完整的工作流。